Το ΕΕΥΕΜ διοικείται από τον Διευθυντή ή, σε περίπτωση προσωρινού ή μόνιμου κωλύματος ή αδυναμίας αυτού, από τον Αν. Διευθυντή.
Συμβουλευτικό ρόλο ασκεί το Επιστημονικό Συμβούλιο.
Ορίζεται Υπεύθυνος Συντονισμού με αποστολή το συντονισμό της υλοποίησης των αποφάσεων του Διευθυντή και του Επιστημονικού Συμβούλιο.
Το ερευνητικό, αναπτυξιακό, και συμβουλευτικό-μελετητικό έργο του ΕΕΥΕΜ, υλοποιείται από τους Τομείς Έρευνας και Ανάπτυξης (ΤΕΑ) του ΕΕΥΕΜ.
Κάθε ΤΕΑ δραστηριοποιείται σε συγκεκριμένη επιστημονική ή και τεχνολογική περιοχή, διεξάγει έρευνα και υλοποιεί ένα σύνολο ερευνητικών, αναπτυξιακών και μελετητικών δραστηριοτήτων στα πλαίσια των έργων του ΕΕΥΕΜ πάντα ευρισκόμενες εντός των ορίων της επιστημονικής και κοινωνικής ηθικής.