Το ΕΕΥΕΜ διοικείται από τον Διευθυντή, ή, σε περίπτωση προσωρινού ή μόνιμου κωλύματος ή αδυναμίας αυτού, από τον Αν. Διευθυντή.
To Επιστημονικό Συμβούλιο του ΕΕΥΕΜ απαρτίζεται από εκπροσώπους των Σχολών του ΕΑΠ και έχει συμβουλευτικό ρόλο.
Ειδικό ρόλο έχει ο Υπεύθυνος Συντονισμού του Εργαστηρίου.
Το ερευνητικό, αναπτυξιακό, και συμβουλευτικό-μελετητικό έργο του ΕΕΥΕΜ υλοποιείται από τους Τομείς Έρευνας και Ανάπτυξης. Κάθε Τομέας υλοποιεί ένα σύνολο ερευνητικών, αναπτυξιακών και μελετητικών δραστηριοτήτων εντός των ορίων της επιστημονικής και κοινωνικής ηθικής.
Η εσωτερική διάρθρωση του ΕΕΥΕΜ βάση του Εσωτερικού Κανονισμού που ισχύει μέχρι σήμερα, περιλαμβάνει τους ακόλουθους Τομείς:
Οι δραστηριότητες των Τομέων υλοποιούνται από προσωπικό υψηλού επιστημονικού επιπέδου καθώς και από εξειδικευμένους επιστημονικούς συνεργάτες.